南华大学办学指导思想为：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，坚持社会主义办学方向，全面贯彻党和国家的教育方针，把培养德智体美全面发展的社会主义事业的合格建设者和可靠接班人作为学校的根本任务；坚持面向现代化、面向世界、面向未来，适应全面建设小康社会的需要和高等教育发展的趋势，积极探索新的办学思路，大力推进教育创新；坚持规模、结构、质量、效益协调发展，按照“巩固成果、深化改革、提高质量、持续发展”的方针，抓住机遇，稳定办学规模，优化专业结构，深化教学改革和管理体制改革，不断提高教育教学质量、科研水平和办学效益；坚持质量立校、科技兴校、人才强校的办学理念，发挥“核”、“医”优势，协调多学科发展，向更高层次突破，朝更高水平迈进，为我国的国防科技事业、核工业、医疗卫生事业和地方经济社会发展作出更大的贡献。

　　办学定位为：立足湖南，面向全国，服务国防科技事业、核工业、医疗卫生事业和地方经济社会发展；以本科教育为主体，积极发展研究生教育，适度发展高等继续教育，创造条件发展留学生教育；以工、医学科为主，管理、经济、文、理、法、教育等多学科协调发展；培养基础扎实、专长突出、实践能力强、富有创新精神、勤勉务实、甘于奉献的高素质应用型高级专门人才；通过一段时期的努力，把学校建设成为省内先进、全国知名、特色鲜明的高水平教学研究型大学。